まず謝らなければいけないのですが、4.0の環境でVDR使えますね。（さっき、気づきました。。。）
VDRは仮想アプライアンスなので、リソースに余裕があればデプロイしてGUIでバックアップジョブをスケジューリングすることができるツールです。（オンラインで取得できるところがいいところ）
①（Get-VM文をうまくつかって、ゲストが起動状態かチェックする箇所をつくるといいと思います。）
Shutdown-VMGuest ゲスト名
②ー④ですが、コマンドの詳細なオプションは忘れてしまっているのでお答えできないです。
実際にコマンドラインで実行して試してみてください。（ゲストが稼働中でも動くコマンドですので。）
下記KBにコマンドの実行例があるので、ご参考まで。
VMware KB: Using vcbMounter from the command line
⑤Start-VM -VM ゲスト名
（Get-VM文をつかって起動したかどうかチェック）
①と⑤ですが、PowerCLIなのでbatファイルから直接叩けないので、外だししてコマンドプロンプトからは*.ps1を実行させるのがいいかもしれませんよ。
PowerCLI（というかPowerShel）lでvcbmounterを呼んで統一するのもありですね。（Invoke-Expressionあたりをつかうという感じで。）
いかがでしょうか。